Student Essays / Biomedicinsk laboratorievetenskap

Recent Submissions

Saccharification of lignocellulose
Warsame, Mohamed : Malmö högskola/Hälsa och samhälle (2012)	bachelor STUDENT ESSAY

English abstract:	The increasing energy demand and the anticipated decline in crude oil production has led to an immense search for new energy sources. Plant cell walls contain lignocellulose that conserve great amounts of energy. These polysaccharides are of high importance for the search of renewable energy sources. Pretreatment of the cell wall is necessary in order to hydrolyse it to its component sugars. Once degraded to monomeric sugars it can be fermented to either ethanol or biogas through established fermentation technologies. The aim of this thesis was to compare and evaluate some of the methods used for sacchrification of lignocellulose. Three treatments where compared to determine which is highest yielding. These are enzymatic hydrolysis, microwave irradiation and steam explosion. Wheat straw was used as substrate and hydrolysed by three commercial enzyme mixtures. Samples were pretreated before the enzymatic reaction with either microwave or steam explosion. Results showed that a treatment of either microwave irradiation or steam explosion combined with enzyme hydrolysis gives the highest yield in monomeric sugars. The conclusions that can be drawn are that mechanical pretreatment increases yield drastically but is insufficient in its self. Further enzymatic treatment of wheat straw is necessary to obtain high amounts of simple sugars.
Swedish abstract:	Den ökande efterfrågan på energi och den förväntade nedgången i råoljeproduktion har lett till ett enormt sökande efter nya energikällor. Cellväggen i växter består till stor del av lignocellulosa som i sin tur innehåller cellulosa och hemicellulosa. Dessa polysackarider är av stor betydelse för sökandet efter förnyelsebar energi. Cellväggen måste förbehandlas innan den kan brytas ner till enkla sockerarter. Efter nedbrytning kan monosackariderna användas till produktion av etanol eller biogas genom väl etablerade fermenteringstekniker. Syftet med denna studie var att jämföra och utvärdera några metoder som används vid degradering av lignocellulosa. Tre behandlingar har jämfört för att se vilken som ger mest avkastning i form av monosackarider. Vetehalm användes som substrat och hydrolyseras med hjälp av tre kommersiella enzymblandningar. Proverna förbehandlades före den enzymatiska reaktionen med antingen mikrovågor eller ångexplosion. Resultaten visade att en behandling med mikrovågsbestrålning eller ångexplosion kombinerad med enzymhydrolys gav högst avkastning. De slutsatser som kan dras är att en mekanisk förbehandling ökar utbytet drastiskt men är otillräcklig i sig. Ytterligare enzymatisk behandling är nödvändig att erhålla större mängder enkla sockerarter från lignocellulosa.

Saccharification of lignocellulose.pdf (1.266Mb)

Prognostisk signifikans av SATB1 och SATB2 uttryck i kolorektal cancer
Taratniya, Eshragh : Malmö högskola/Kultur och samhälle (2012)	STUDENT ESSAY

English abstract:	Colorectal cancer (CRC) is one of the most common cancers in the world with about 1 million new cases annually. Special AT-rich sequence binding protein 1 (SATB1), is a cell type specific nuclear matrix associated DNA binding protein, which consists of AT-rich DNA sequences. It has previously been demonstrated that another member in SATB-family, SATB2, is expressed in a tissue-specific manner in normal mucosa in the lower gastrointestinal tract and in CRC. β-catenin is an intracellular mediator of the Wnt/ β-catenin signaling pathway and plays an important role in colorectal carcinogenesis. Expression of SATB1, SATB2 and β-catenin was analyzed in tissue microarrays with tumors from 270 CRC patients. Spearman´s correlation test was used to assess the correlations and the impact of SATB1 and SATB2 on recurrence free survival was assessed by Kaplan-Meier analysis and log-rank test. The result of immunohistochemical staining shows that there is a correlation between the analyzed markers and that SATB1 expression is a poor prognostic factor in tumors expressing low levels of SATB2.
Swedish abstract:	Kolorektal cancer (CRC) är en av de vanligaste cancersjukdomarna i världen med cirka 1 miljon nya detekterade fall per år. Special AT-rich sequence-binding protein1 (SATB1) är ett celltyp-specifikt kärnmatrix-associerat DNA-bindande protein, vilket utgörs av AT-rika DNA sekvenser. Det har tidigare demonstrerats att en annan medlem i SATB-familjen, SATB2, uttrycks på ett vävnadsspecifikt sätt i normal mukosa i nedre mag-tarmkanalen och i CRC. β-catenin är en intracellulär mediator i Wnt/β-catenin signaleringsvägen, som spelar en viktig roll i kolorektal carcinogenes. Uttryck av SATB1, SATB2 och β-catenin har studerats i tissue microarrays med tumörprover från 270 CRC patienter. Deras inbördes korrelation samt koppling till recidivfri överlevnad har studerats med hjälp av Spearman´s korrelationstest respektive Kaplan-Meier analys och log-rank test. Resultatet från immunhistokemiska färgningar visar att det finns en korrelation mellan de analyserade markörerna. Därutöver fann vi att SATB1 uttryck är kopplat till kortare recidivfri överlevnad i tumörer med lågt SATB2 uttryck.

Examensarbete.pdf (818.3Kb)

Inventering av en ny variant av mecA hos cefoxitin-resistenta Staphyl...
Sundin, Katarina : Malmö högskola/Hälsa och samhälle (2012)	bachelor STUDENT ESSAY

English abstract:	Methicillin-resistant Staphylococcus aure s (MRSA) has become a more frequent pathogen within health care facilities and the community. MRSA causes infections that can’t be treated with β-lactamantibiotics. To prevent the spread of MRSA, patients and medical personnel undergo screening-tests. In the screening-tests PCR-analysis of mecA, nuc and/or Sa442 is included. MecA is located at Staphylococcal Chromosomal Cassette mec (SCCmec) and is a marker for MRSA, whereas nuc and Sa442 state regular S. Aureus infections. PCR-positive isolates are grown on agar plates after enrichment in selective broth. Colonies of S. aureus are tested for cefoxitin susceptibility to which MRSA is resistant. PCR-analysis of mecA is the reference method that is being used today when MRSA is being diagnosed. During the last decade cefoxitin-resistant strains that lack mecA in the PCR has been reported. In 2011 a new variant of SCCmec and a new variant of mecA, mecALGA251 was reported. In this study a new real-time-PCR has been developed in order to identify mecALGA251. The new PCR protocol was being used to examine 43 clinical isolates, four cefoxitin-susceptible S. aureus from the routine and three reference strains were examined. The clinical isolates had been collected during the period 2004-2011 and were cefoxitin-resistant but lacked mecA. In total of 40 of the 43 cefoxitin-resistant was PCR positive for mecALGA251. Susceptibility testing with disk diffusion and E-test for cefoxitin, oxacillin, cefuroxime and cefotaxime showed that this type of MRSA can’t be distinguished from regular MRSA. The results showed that cefoxitin-resistant S. aureus isolates carrying mecALGA251 exist among patients in Skåne County. One cefoxitin-resistant S. aureus isolate lacked both classic mecA and mecALGA251, which indicates that other mechanisms may exist, however these results has not been further analysed in this study.
Swedish abstract:	Methicillin-resistenta Staphylococcus aureus (MRSA) har blivit en allt vanligare patogen inom sjukvården och i samhället. MRSA orsakar infektioner som inte kan behandlas med β-laktamantibiotika. För att förhindra spridning genomgår patienter och sjukvårdspersonal screening-tester. I dessa screening-tester ingår PCR-analys av mecA, nuc och/eller Sa442. MecA är lokaliserad på Staphylococcal Cromosomal Cassette mec (SCCmec) och används som en markör för MRSA medan nuc och Sa442 anger S. aureus. PCR-positiva isolat odlas ut på agarplattor efter anrikning i en selektiv buljong. Kolonier av S. aureus resistensbestäms mot cefoxitin som MRSA är resistent mot. Idag används dock PCR-analys av mecA som en referensmetod för diagnostisering av MRSA. Under det senaste årtiondet har även rapporterats fynd av stammar som enligt resistensmönster är MRSA men som har utfallit negativt för mecA i PCR. Under 2011 rapporterades en ny variant av SCCmec och en ny variant av mecA, mecALGA251. I denna studie har en realtids-PCR tagits fram för att identifiera den nya varianten, mecALGA251. Denna PCR användes för att undersöka 43 kliniska isolat, fyra cefoxitin-känsliga S. aureus från rutinen och tre referensstammar. De kliniska isolaten hade samlats in under perioden 2004 – 2011 och hade uppvisat cefoxitin-resistens men gett negativt resultat i mecA-PCR. Totalt 40 av de 43 cefoxitin-resistenta kliniska isolaten visades bära mecALGA251. Resistensbestämningar med diskdiffusion och E-test mot cefoxitin, oxacillin, cefuroxim och cefotaxim visade att denna typ av MRSA inte kan skiljas från klassisk MRSA. Resultaten visar att cefoxitin-resistenta S. aureus isolat som bär mecALGA251 finns bland skånska patienter. De visar också att det finns cefoxitin-resistent S. aureus som saknar både klassiska mecA och mecALGA251. Dessa stammar har inte studerats vidare i denna studie.

Examensarbete.pdf (795.5Kb)

UTSÖNDRING AV STEN-BILDANDE SUBSTANSER I URIN – KAN STICKPROV ERSÄTTA...
Majstorovic, Zoran : Malmö högskola/Hälsa och samhälle (2011)	bachelor STUDENT ESSAY

English abstract:	Majstorović, Z. Secretion of stone-forming substances in the urine - can spot urine sample replace 24 hour urine collection? Degree project in Biomedical Laboratory Science, 15 credits points. Malmö University, Health and Society, Department of Biomedical Laboratory Science, 2011. Objective. Clinical investigation of kidney stone patients always includes moni-toring of the secretion of stone-forming substances in the urine. However, 24 h urine collection is difficult for the patient and prone to error. The purpose of this study is to examine whether there are alternatives to the collecting of urine under the period of 24 hours in cases where the secretion of stone-forming substances is constant across days. The question is whether the excretion of stone-forming sub-stances can be estimated by relating the concentration of urine to the creatinine concentration of urine, since the excretion of creatinine is relatively constant over a day. If so, the concentration of stone-forming substances in urine could be relat-ed to the concentration of creatinine in urine in the same way as drug analyses commonly are. Method. The subjects collected a 24h collection of urine. The first urine portion was stored in a container, while all subsequent urine was collected in a separate container. After about a week, another timed collection of urine was performed, but this time only in one container. The 24 h solute excretions were compared to each other and to the solute creatinine index. Results. A strong cor-relation was found between the creatinine index of calcium and the 24 h excretion of calcium. A somewhat weaker correlation was found for magnesium and a lack of correlation for phosphate and potassium. Conclusion. Results indicate that creatinine indexes in general do not predict 24 h excretions. However, creatinine index appears to predict the excretion of calcium and, to some extent, magnesium.
Swedish abstract:	Majstorović, Z. Utsöndring av stenbildande substanser i urin – kan stickprov er-sätta dygnsmängder? Examensarbete i Biomedicinsk laboratorievetenskap 15 högskolepoäng. Malmö högskola: Hälsa och samhälle, Utbildningsområde Bio-medicinsk laboratorievetenskap, 2011. Syfte. Utredning av njurstenspatienter omfattar alltid undersökning av utsönd-ringen av stenbildande substanser i urin. Samlingen av urin under ett dygn hos njurstenpatienter innebär ofta problem för patienten eftersom det inte är så sällan att de glömmer samla urin i dunken eller samlar för lång eller kort tid. Syftet med min undersökning är att undersöka om det finns alternativ till att samla urin under 24 timmar i de fall där utsöndringen av stenbildande substanser är konstant över dygnet. Frågeställningen är om utsöndringen av stenbildande substanser kan upp-skattas genom att relatera deras koncentration i urin till koncentrationen av kreati-nin i urin eftersom utsöndringen av kreatinin är relativt konstant över dygnet. I så fall bör koncentrationen av stenbildande substanser i urin kunna relateras till kon-centrationen av kreatinin i urin på samma sätt som vid narkotikaanalys. Metod. Försökspersonerna samlade all urin i exakt 24 timmar. Den första urinportionen sparades i ett separat kärl medan all efterföljande urin samlades i en separat dunk . Efter ca en vecka gjordes en ny urinsamling, denna gång bara i en dunk. Dygnsut-söndringarna jämfördes med varandra och med kreatininindex i stickprovet. Re-sultat. Ett starkt samband fanns mellan kreatininindex av kalcium och dygnut-söndringen av kalcium. Sambandet var något mindre starkt för magnesium och saknades för fosfat och kalium. Slutsats. Resultaten talar mot att kreatininindex generellt kan användas för att skatta utsöndringen av njurstensbildande substanser. Däremot verkar kreatininindex relativt väl förutsäga utsöndringen av kalcium och i viss mån även magnesium.

Examensarbete av Zoran Majstorovic.pdf (570.5Kb)

Search

Browse

All contents
This Collection
- By Date
- Authors
- Titles
- Subjects

My Account

Login

Statistics

View Usage Statistics

Discover

RSS Feeds